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Los participantes en el mercado del carbono, así como las autoridades competentes, deben tener la garantía que una tonelada equivalente de CO2 emitida encuentre su equivalente a una tonelada declarada. Por esta razón, la Directiva RCDE UE proporciona un sistema sólido de seguimiento, notificación y verificación (artículos 14 y 15). Sobre la base de la Directiva 2003/87/CE, el Reglamento de Ejecución (UE) 2018/2066 (MRR) establece las normas aplicables al seguimiento y la notificación de las emisiones de gases de efecto invernadero y datos de la actividad, para el período de aplicación del régimen de comercio.
El plan de seguimiento
El «plan de seguimiento» tiene que ser aprobado para cada entidad regulada por las autoridades en el momento que se solicita la autorización para emitir. Se trata de un manual de gestión, que sirve para las tareas de seguimiento del operador y que debe prepararse en los términos descritos en el Capítulo 5 del MMR -la Comisión ha propuesto un modelo electrónico-.
El plan de seguimiento es el documento más importante para la instalación que participa en ETS2, y es el manual de gestión de la entidad regulada, debe elaborarse de manera que permita consultarse por todos los que intervienen, desde el personal de la empresa hasta las autoridades competentes, pasando por el verificador que es el que debe valorar el informe de emisiones del operador.
Elaboración del plan de seguimiento
El diseño de un plan de seguimiento es un proceso interactivo que se compone de las siguientes fases:
1º La entidad regulada identifica las fuentes de datos y las actividades de cálculo o de medición.
2º La entidad regulada crea el flujo de datos, que proporciona una secuencia lógica de la recogida de datos y de los procesos de tratamiento.
3º La entidad regulada evalúa los riesgos asociados a tal flujo de datos y establece las correspondientes actividades de control para reducir los riesgos identificados.
4º La entidad regulada evalúa los riesgos para determinar si las medidas de control van a ser efectivas y aplicadas correctamente.
Contenido del plan de seguimiento y procedimientos escritos
El plan de seguimiento (MP), sirve como un manual de tareas de la entidad regulada, se complementa con «procedimientos escritos», que documentan e implementan el MP con un nivel de detalle suficiente para que la autoridad competente (CA) y el verificador puedan comprender el contenido del procedimiento y puedan suponer razonablemente que la entidad regulada dispone de la documentación completa. Así lo establece el artículo 11 del MRR que señala que el «El plan de seguimiento se complementará con procedimientos escritos que la [entidad regulada] establecerá, documentará, aplicará y mantendrá, según proceda, en relación con las actividades incluidas en dicho plan.»
El artículo 58 del MRR señala que la entidad regulada elaborará, documentará, aplicará y mantendrá procedimientos escritos relativos a las actividades de flujo de datos para el seguimiento y la notificación de las emisiones, y se asegurará de que el informe anual de emisiones resultante de estas actividades no contenga inexactitudes y sea conforme con el plan de seguimiento, con los referidos procedimientos escritos. En último término, corresponde a la entidad regulada garantizar que «los datos» se produzcan, recopilen, procesen y almacenen de forma controlada. El flujo de datos incluye la lectura de instrumentos, el envío de muestras al laboratorio y la recepción de los resultados, la agregación de datos, el cálculo de las emisiones a partir de diversos parámetros y el almacenamiento de toda la información relevante para su uso posterior. El MRR menciona diversos aspectos que se espera que se reflejen en procedimientos escritos:
- La gestión de las responsabilidades y competencias el personal;
- Los procedimientos de flujo y control de los datos
- Las medidas para el aseguramiento de la calidad
- Los método de estimación para sustituir los datos omitidos cuando se constaten lagunas en ellos
- La revisión periódica de la adecuación del plan de seguimiento (incluyendo la evaluación de incertidumbre cuando proceda
- Un plan de muestreo, en su caso y un procedimiento para revisar el plan de muestreo cuando proceda
- Los procedimientos relacionados con los métodos analíticos, en su caso;
- El procedimiento para demostrar la equivalencia de la acreditación de los laboratorios con la norma EN ISO/IEC 17025, en su caso.
El plan de seguimiento de la entidad regulada incluirá como mínimo la información siguiente: 
La plantilla electrónica
Como ayuda para la implementación del Reglamento MRR de seguimiento y presentación de informes, la Comisión Europea ha desarrollado una serie de documentos de orientación para facilitar su aplicación, denominados «guías» y «plantillas electrónicas»; si bien, aunque esenciales, no son jurídicamente vinculantes. En último término, proporcionar a las entidades reguladas una herramienta útil para la aplicación de las metodologías de seguimiento de las emisiones de dióxido de carbono.
El artículo 74.1 del MRR, establece que los Estados miembros podrán exigir, a la entidad regulada, que utilice plantillas electrónicas o formatos de archivo específicos para la presentación de planes de seguimiento y cambios en el plan de seguimiento, así como para la presentación de informes anuales de emisiones.
La plantilla electrónica requiere que se rellenen datos y parámetros de la entidad regulada, el funcionamiento y los métodos específicos que se aplican para el seguimiento. Proporciona campos de texto que se deben cumplimentar, sin embargo, pueden ser insuficientes para la información que desea mostrar, en tales casos, la entidad regulada debe adjuntar la información (texto, fórmulas, datos de referencia, diagramas y dibujos) en archivos separados, indicando el nombre de archivo adjunto. Además, es aconsejable añadir la fecha de la última modificación del documento a la referencia, e incluir un indicador claramente legible para esa fecha directamente en el archivo.
